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默克限制性内切酶是一种能够识别双链DNA分子中特定核苷酸序列，并在特定位置切割DNA链中的磷酸二酯键的一类酶，简称限制酶。不同的限制性内切酶会识别不同的DNA序列，它可以在识别序列内或距识别序列不远的位置处切割DNA，酶切之后会形成不同类型的产物。
默克限制性内切酶常用于分子克隆实验中。但除了克隆，它还可以应用于疫苗研发生产、基因测序、SNP鉴定、ddPCR等领域。限制性内切酶的命名主要是根据细菌的属名、种名、菌株或血清型、发现的顺序而定。
在使用商品化的限制性内切酶进行双酶切时，一定要注意二者共用的Buffer，选错了，试验就会面临失败。胶回收时，一定要使用适用于胶回收的核酸染料。
每一个限制性内切酶就是一把手术刀，它们能够识别特定的碱基序列准确切割。在使用这些酶切割后，会产生平末端和粘性末端。根据自己的需要做一些设计，一般来说，我们使用粘性末端连接多些。
在分子克隆试验中，我们常用II型的限制性内切酶，比如BamHI、HindIII、EcoRI等等。利用它们做单酶切或双酶切，构建重组质粒。一般酶切为37℃，3－4小时。酶切时间过短会造成切开的效率不高，过长会造成非特异性切割。有些酶具有典型的星号活性，即在一定条件下出现乱切。
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